Avant de définir le rôle du conseil en Pédagogie Institutionnelle, nous rappelons qu'étymologiquement ce mot vient du latin « consilium » ; il désigne des personnes qui délibèrent et donnent leur avis sur des affaires publiques ou privées.
Le conseil apparaît comme la clef de voûte du système en pédagogie institutionnelle puisqu'il a le pouvoir d'institutionnaliser le milieu de vie de la classe et de créer de nouvelles institutions. Dans « Vers une Pédagogie Institutionnelle ? », F. OURY et A.VASQUEZ définissent l'institution comme l'ensemble des règles qui déterminent ce qui se fait ou non dans la classe. Ces deux auteurs considèrent également comme institution, tout ce qui est défini : des statuts de chacun jusqu'aux divers lieux et réunions dans la classe, en passant par les fonctions et les possibilités de chaque élève et de l'enseignant.
En outre, l'organisation pratique du conseil donne lieu à un regroupement des enfants :

Le conseil d'enfants au niveau de l'école : présent une fois par mois, il réunit toute l'équipe enseignante et deux élèves délégués dans chaque classe pendant une heure.
Le conseil possède des rituels :
De fonction : un président et un secrétaire sont nommés parmi les élèves. Il y a vote si plusieurs d'entre eux se proposent pour remplir ces fonctions.
De procédure : le président ouvre et ferme le conseil ; il distribue la parole qui permettra à chaque élève d'être entendu par tous. D'autre part, il annonce chaque point de l'ordre du jour, qui a été établi par tous les élèves de l'école qui ont des choses à dire, une boîte pour le conseil étant à leur disposition dans laquelle ils peuvent déposer des mots. Les enseignants, au même titre que les élèves, peuvent également déposer des mots.
Le secrétaire note les sujets abordés et les décisions prises sur un cahier. Tous les sujets proposés sont discutés et le groupe essaye de trouver au mieux une solution ; le vote n'est pas systématiquement requis, mais il permet de prendre l'avis de chacun et de prendre en compte ceux qui se positionnent contre.
Les membres doivent demander la parole pour avoir le droit de parler. L'enseignant est un membre du conseil au même titre que les élèves ; cependant, il garde le droit de veto : il reste garant de la loi dans l'école ou dans le classe.

Le conseil d'enfants dans la classe :mené dans chaque classe, il fonctionne de manière identique au conseil d'école et possède les mêmes rituels.
Présent une fois par semaine, il dure une demi-heure.
En maternelle, une action un peu différente est menée ; étant donné l'âge des enfants, une « boîte à colère » (magnétophone) est mise à disposition des enfants et dans laquelle ils viennent s'enregistrer et disent leur « grosse colère ». En début d'année, l'enseignante travaille avec les enfants la manière d'utiliser le magnétophone et présente ce fonctionnement après avoir travaillé avec eux l'album « Grosse colère ». Nous reconnaissons qu'avoir une classe de deux ou trois niveaux facilite le travail d'une année sur l'autre.

Effets observés au terme de 3 ans de conseil d'enfants.
« Il faut se laisser du temps » et « prendre soin de soi » tout en gardant la volonté d'avancer et ce, pour les enfants et pour les enseignants.
Au bout de trois ans, nous commençons à vivre des conseils d'école où les enfants investissent vraiment l'espace de parole. De même que les décisions prises ont vraiment sens pour tous les enfants et les enseignants dans l'école.
Au départ, les enfants ont été un peu déroutés par ce fonctionnement qui n'était pas présent auparavant dans l'école. Aussi, il faut que chacun se cherche, trouve sa place, ose prendre la parole et les enseignants également. Un « vrai » conseil peut exiger de la part de chaque membre une véritable remise en cause qui est parfois douloureuse.
Il nous semble que les enfants assument plus facilement leur geste, parfois malheureux. Le conseil renvoie à tous, y compris aux enfants de maternelle, leur responsabilité. Et forcément, le conseil nous renvoie nos responsabilités.

Obstacles pouvant nuire aux conseils :
Que les personnes présentes n'osent pas prendre la parole.
Que les personnes présentes n'acceptent pas de se soumettre à la critique (pour les enfants comme pour les enseignants)
Que le président déborde de son rôle où ne joue pas son rôle
Le conseil nécessite de la part des enseignants de la disponibilité : accepter de donner de son temps pour vivre les conseils ; cet élément peut constituer un obstacle dans certaines équipes pour des conseils d'écoles.

Conclusion
« C'est parce nous avons une parole partagée que nous pouvons avoir une parole réfléchie » MALARD, Catherine, Essai sur le statut de la parole à l'école, La parole à l'école, ISPEC, 1998, p 69.
Voilà vers quoi nous essayons de tendre dans l'école à travers la mise en place du conseil et l'expérience est riche. Bien évidemment, entendre le sujet qui est présent dans chaque élève ou dans chaque enseignant n'est pas toujours évident et inversement le prix d'une parole qui se risque est parfois élevé.
Par ailleurs, en préalable de la mise en place d'un conseil dans son quotidien, un enseignant doit se poser la question suivante : ai-je envie et suis-je à même d'abandonner une part de moi-même et de laisser un espace où les paroles des autres pourront venir m'interpeller ?
De même que le travail nécessaire pour se remettre en cause n'est pas toujours facile mais progresser, n'est ce pas mieux accepter ce qui est en nous-mêmes, lorsque nous préférions que cela n'y soit pas ?